第三展示室主要是以「專題」的方式展列,展出文物包括:針灸銅人、各式針具、中醫由大陸向外傳遞的過程、少數民族醫學--藏醫學、甲骨文中之醫學、馬王堆漢墓出土之古代醫藥文物…等,提供中醫學研究歷史上醫學思維之參考。