第二展示室主要展示中醫藥的重要典籍及文物,以及中醫藥的演進過程。本展室展出重要的中醫藥典籍,包括黃帝內經、難經、神農本草經、傷寒論、金匱要略、脈經、針灸大成等。《黃帝內經》包括和,為最早的醫學經典,被視為中醫典範之作。有日、韓、英、德等各國的譯本,本展室並陳列了「內經圖」、「內經概要」以及「內經學術體系演進圖」。