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本書簡稱《巢氏病源》，又名《巢氏諸病源候論》、《諸病源候總論》。隋大業年間，太醫博士巢元方與吳景賢等，奉詔編撰，全書共50卷、67門。不僅為第一部由朝庭敕編，集體撰作的醫學理論著作，亦是現存中國第一本病因、病理與證候學專論。《諸病源候論》收錄1739種症候，以病為綱：包括內、外、婦產、小兒、五官諸症，具體且詳細地分類描述每種症候的病因、病理、及病徵，又附論導引養生之法。

本書在病因病理學上，發揚前代的理論，並對多種疾病的病變、轉歸，有詳細觀察和準確的描述，分門別類，使之系統化，在臨床診斷上富重要意義。此外，還介紹腹部外科手術：腸吻合術、創面縫合術…等，反映了我國古代外科手術，於隋朝已達較高水平。其中又多引用《傷寒論》的條文，為後世提供了另一個了解《傷寒論》原文的途徑。

《諸病源候論》引錄保存了我國古代許多珍貴醫學資料，後世醫家學者甚為推祟，然就是缺少了治療的藥方為其缺憾。現多缺佚，王燾所撰《外台秘要》40卷中共引用《諸病源候論》370候，對《諸病源候論》條文的輯佚，有很大助益。